Nei, það ætti ekki að gerast.
Ef þú ert með Win98 uppsetningu á disknum eða program files möppu eða eitthvað annað sem er tengt Win98, td. autoexec.bat, config.sys eða e-ð, þá gæti Win98 settuppið skrifað yfir þær skrár. Hinsvegar eyðir það ekki skrám sem er því óviðkomandi eða fiktar í skrám sem tengist því ekki á neinn hátt.