Quinlan á langa sögu af baráttu við Myrku Hliðinna, sérstaklega eftir að hafa hlotið varanlegt minnisleysi eftir að hafa verið byrlað eitur af óvini.
Vos fór með lykilhlutverk í Klóna Stríðinu með því að komast inn í Innri Hring Count Dookus og senda Lýðveldinu upplýsingar. Hann var leiddur til Myrku Hliðarinnar af Count Dooku, sem sýndi Vos í gegnum hlutskyggni hans að frænka hans hafi svikið foreldra hans og þar með myrt þau. Vos slátraði frænku sinni á heimaplánetu sinni og var þar með á valdi Dooku. Hann vann gegn Lýðveldinu í stuttan tíma, eða þangað til hann myrti spilltan Lýðveldisráðherra sem starfaði með Dooku. Hann hafði unnið með Lýðveldinu allan tímann, en til að plata Dooku fullkomlega þurfti hann að láta alla, þar á meðal Lýðveldið og Jediana, halda að hann væri á hlið Dookus, og framdi mörg illverk á meðan.
Þegar á Baráttunni um Saleucami stóð, sýndi hann hverjum hann stóð með í raun þegar hann stóðst tilraunir Dookus til að snúa honum algjörlega að Myrku Hliðinni, og drepa Sith Riddarann Sora Bulq.
Stuttu eftir þetta sagði Khaleen, elskhugi Quinlans, honum að hún ætti von á barni. Quinlan sagði Khaleen að ferðast til endamarka vetrabrautarinnar þar sem hún og ófætt barn þeirra væru óhult, og lofaði henni að þegar stríðinu væri lokið mynda hann yfirgefa Jedi Regluna og finna hana. (Þetta gefur þann möguleika að fjallað verði um þetta barn í myndasögum, skáldsögum, eða jafnvel í Star Wars sjónvarpsþáttunum sem George Lucas hefur tilkynnt að sé í gerð.)
Þegar hann hafði snúið aftur til Lýðveldisins, var honum gefin herdeild klóna sem hann fór með til Boz Pity. Seinna fer hann til Kashyyyk, en þar situr hann ofan á Klóna Turbo Tank þegar Palpatine kanslari gefur út Skipun 66, sem verður til þess að klónarnir snúa gegn Jediunum. Annar Turbo Tank hefur skothríð á þann sem Quinlan situr á og er hann sagður drepinn í sprengingunni.
Það hefur verið tilkynnt að Vos lifði sprenginguna af, og fór í felur á Kashyyyk, en það sem gerðist við hann eftir það er óvitað. Á Dark Horse Comics heimasíðunni er yfirlit yfir Republic #83 myndasöguna og er gefinn upp söguþráður þeirrar myndasögu :
“Skipun 66 hefur breytt öllu. Á meðan Jedium er slátrað á öllum stöðum í vetrabrautinni, hefur einum þeirra tekist að komast hjá dauða, en hversu lengi? Alvarlega slasaður af sömu klónum og hann leiddi til sigurs, hefur Meistari Quinlan Vos forðað sér inn í frumskóga Wookiee plánetunnar Kashyyyk. Á meðan klónarnir leita að honum, þarf Vos að ákveða hvort hann eigi að berjast gegn heilum her, eða flýja og leggja líf þeirra sem hann elskar í hættu.”
When life hands you a lemon, squirt it in somebody's eye and run like hell.