
Fimmta september 1901 var McKinley skotinn tvemur skotum af Leon Frank Czolgosz, bandarískum anarkista. Fyrra skotið hitti hann í öxlina en það seinna í magann og í gegnum nýrað og festist að lokum í vöðva í bakinu á honum. Læknar náðu að fjarlægja seinni kúluna en ekki þá fyrri en héldu að það væri í lagi og að McKinley mundi ná sér að fullu. Nokkrum dögum seinna kom drep í sárið þar sem hann var skotinn og fjórtánda september 1901 dó McKinley
Leon Frank Czolgosz var dæmdur til dauða og var tekinn af lífi í rafmagnsstól 29. október 1901.
Mount McKinley, hæsta fjall N-Ameríku er skýrt eftir William McKinley, sem var eins og glöggir lesendur taka eftir, afar ferskur maður í alla staði.