Þangað til að við enda 12. aldar var Mongólía ekki meira en nokkur héruð. Árið 1162 fæddist ungur drengur sem hét Temujin. Faðir hans var höfðingi Kiyat-Bordigjin ættflokksins en ekki er mikið vitað um ætterni móður hans. Sem unglingur myrti Temujin hálfbróður sinn í köldu blóði, og þegar hann var um 20 ára gamall, komst hann til valda innan Kiyat-Bordigjin ættbálksins. Og innan nokkura ára sameinaði hann stærstan hluta mongólsku ættflokkana og þegar hann var um 30 ára gamann fékk hann viðurnefnið Genghis Khan, eða Mikill konungur. Enginn mongólskur leiðtogi hefur, fyrr eða síðar, náð að halda þjóðflokknum saman.
Genghis reisti höfuðborg sína í Karakorum, þar sem nú er Kharkorin, safnaði dyggum her (um 200.000 menn) og hóf sköpun stærsta veldis sem heimurinn hefur augum litið. Þegar hann dó árið 1227 náði Mongólía frá Beijing til Kaspíahafs.