Haldið til Egyptalands:
Sigur í orrustunni við Issos varð til þess að Alexander hafði Litlu-Asíu í hendi sér, en Dareios flúði austur og lét Alexader það vera að eltast við Dareios í bili og héld hann til Egyptalands. Dvöl Alexanders í Egyptalandi skýrði sig af því að hann vildi tryggja öfluga “strandstöð sem gætti orðið þungamiðja í jafnt hernaðarlegum sem viðskiptalegum tilgangi”. Persar réðu yfir Egyptum og lagði Dareios þunga skatta á þá og sýndi Egyptum litla virðingu og því voru Egyptar fegnir að makedónski herinn væri kominn með Alexander í fararbroddi og var hann smurður faraó yfir efra og neðra Egyptalandi í Memfis hinn 14. nóvember 332. f.Kr. Í Egyptalandi áleit Alexander sig vera guðdómlegan enda er það kannski ekki skrýtið vegna þess að afrek hans geta varla talist mannleg. Alexander fór bráðlega frá Memfis til véfréttirnar í Siwa. Alexander fór með nokkrum mönnum sínum og ferðinn gekk ekki auðveldlega fyrir sér sandstormar og hiti gerðu Alexander og hans mönnum erfitt fyrir, en sagt er að tveir hrafnar hafi vísað þeim veginn til Siwa því að Alexander og föruneyti hans hafði ekki vitað nákvæmlega hvar þeir voru staddir.

Þegar til Siwa kom fór hann inn í helgidóminn og þegar hann kom út sagði hann “að hann hafði fengið það svar sem hjarta hans þráði”

Konungur Asíu:
Alexander fór nú brátt að undirbúa herferð sína gegn Persum á nýjan leik. Alexander barðist ekki gegn Persum í heil tvö ár og á þeim tveim árum hafði Dareios haft nægan tíma að koma sér upp nýjum her. Alexander átti möguleika á að gera út um her Dareiosar komst í orrustunni við Gágamela, Alexander beitti sömu hernaðartækni og hann gerði í orrustunni við Issos þar að segja “að draga eins marga óvinahermenn og mögulegt væri frá miðfylkingunni sem hann mundi síðan gera áras á“. Hermenn Dareiosar skipuðu 40.000 riddara og 100.000 fótgönguliða “auk stríðsvagna og indverskra fíla”. En í liði Alexanders voru aðeins um 40.000 fótgönguliðar og 7.000 riddarar. Alexander vann sigur en Dareios flúði enn og aftur og tókst honum að sleppa yfir Tárusfjöll. En Alexander 25 ára gamall var orðinn Faraó Egyptlands, “hæstráðandi Grikklands” og stjórnandi Asíu og hann var ekki í þann mund að stoppa.

Alexander ákvað ekki að elta Dareios uppi heldur fór hann til Babýlons og fékk hann þar borgina án mótspyrnu og þyrptust borgarbúarnir niður að strætunum og hrópuðu Alexander frelsari. Brátt fór Alexadner frá Babýlon og fór hann til borginna Súsu og enn og aftur mætir hann ekki neinni mótspyrnu.

Árið 330 f.Kr. þann 31. janúar hélt Alexander inn í höfuðborg Persaveldis Persepólis. Alexander leyfði sínum mönnum að taka alla fjarsjóði og verðmæti borgarinnar í sínar hendur en það hafði hann ekki gert í Babýlon og Súsu. Alexander beið eftir að prestar borgarinnar lýstu hann stórkonung en prestarnir sögðu að þeir mundu ekki krýna útlending sem konung. Alexander varð ævareiður og fyrirskipaði hann sínum mönnum að brenna borgina til grunna og má geta þess að ekkert er eftir að Persepólis nema rústir einar. Snemma í júni hóf hann eftirför sína gegn Dareiosi á ný en frétti hann “að Daríus hefði hörfða í átt til Baktra ásamt leifum persneska hersins”. En brátt fóru hermenn Dareiosar að yfirgefa Dareios vegna þess að þeim var orðið ljóst að sigurvonir Dareiosar væru litlar og fóru menn hans að fylgja Bassusi frænda Dareiosar. En Alexander fylgdi Dareiosi og Bassusi óðfluga og fundu þeir Dareios dauðan skammt frá Sharud, eftir að menn hans höfðu stungið hann með spjóti. Alexander sendi lík hans til Persepólis þar sem fjölskylda hans gat veitt honum sómasamlega útför. En Bessus frændi Dareiosar tók sér nafnið Artaxerxes 4. og var hann af konungsættum og því neyddist Alexander að halda eftirför sinni áfram. Alexander fór yfir gjörallt Khawakskarð og var Bessus skelginu lostinn þegar hann heyrði það að makedónski herinn var í nánd við hann. Hann fór því yfir Oxusfljót til Sogdíu. Í Sogdíu handtóku Makedóníumenn Bessus hýddu hann og sendu hann svo til persnenska dómstóla og þar var hann líflátinn. Nú gátu Alexander og hans menn haldið för sinni áfram til Samarkand “hinnar konunglegu borgar í Sogdíu”.

Um árið 329 f.Kr. komst Alexander til Samarkand. Makedóníumenn notuðu borgina næstu 18 mánuðina sem bækistöð en Alexander og hans menn mættu mikilli andspyrnu en bældi hann hana niður og hreppti hann konur og börn í þrældóm. Brátt kom Alexander að Jaxartesfljóti og stofnaði hann nýja borg Alexandríu í Tanais “sem er einnig kölluð Alexandría Eschate”.

Í öllum þessum átökum kynntist Alexander stúlkunni Roxane og varð Alexander ástfanginn af henni og giftust þau vorið 327.f.Kr.