Það er ekki vitað hvenær menn byrjuðu fyrst að nema land á japanska eyjaklasanum, en Jomon fólkið gæti verið kallað frumbyggjar hans þar sem það byrjaði að dreifa sér þar í kringum 250 f.kr. Yayoi menningin sem reis í Kyushu, á meðan Jomon menningin var enn að þróast, dreifðist austur og gagntók Jomon fólkið. Menningarlega séð, táknar Yayoi athyglisverða framsókn og dafnaði í einhverjar fimm eða sex aldir. Sameining Japan undir Yamato réttinum átti sér stað á miðri 4. öld e.kr. Ríkisár Kentai einkenndust að minni Yamato áhrifum og fleiri svæðisbundnir höfðingjar mynduðust og minnkun konunglegra áhrifa. Onin stríðið bætti einnig við þessi áhrif og margar sjálfstæðar sveitir, borgir og bæir mynduðust. Sengókúið var tímabil mikilla erja og stíða milli þessara smáríkja. Yamato rétturinn var vakinn aftur til lífsins af Shotoku prins til að hindra enn meira blóð. Ef Shotoku hefði ekki verið myrtur hefði konfúsíuskar hugmyndir hans um stjórnarskipulag örugglega náð að þroskast til fulls en Soga ættin myrti alla erfingja Shotoku og hirtu völdin í landinu. Nokkrum árum seinna gerðu prinsarnir Nakato og Nakatumi róttækar breytingar og myrtu alla sem voru andsnúnir keisaralegu fjölskyldunni og komu á fót kerfi þar sem keisarinn var algjör einvaldur, sem stendur enn í dag.
Á seinni hluta Heian tímabilsins komu valdamestu samúræjarnir saman um eða í höfuðborginni Kyoto, þar sem þeir þjónuðu bæði hernaðarlegum þörfum keisarans sem og voru lífverðir aðalsmanna. Hin tignarlega samúræjastétt með sitt endalausa æðruleysi og virðingu og heiður myndaði sína eigin menningu. Á Múrómatsjí tímabilinu, undir vaxandi áhrifum Zen búddhisma, skapaði samúræjamenningin mikla list sem enn er til í dag. Á endanum reis upp einn samúræi, Tokugawa Takechiyo, og kom á friði á eyjurnar. Þrátt fyrir að spænskir og portúgalskir verslunarmenn og trúboðar hafi verið í Japan alveg frá því á 15. öld þá var það ekki fyrr en á 18. öld, þegar Bandaríkjamenn komu til landsins sem dyr Japana að vestrinu opnuðust - og setti pressu á keisarann til að gera einhverjar róttækar breytingar. Meijisjí stjórnin var sett á fót og það voru endalokin fyrir samúræjana og hina fornu japönsku menningu. Uppbygging nútímalegs ríki og tilnhneiging til að líkjast hvítu mönnunum úr vestri var óhjákvæmanlegt. Kaldhæðnislega var þetta nýja hlutverk Japans - brennimerkt með stríði. Fyrst Rússó-Japanska stríðið (1904-06), þar á eftir Fyrri heimsstyrjöldin og að sjálfsögðu hörmulegasta stríð Japana sem þeir hafa tekið þátt í, Seinni heimsstyrjöldin - en hún leiddi til árásar á Pearl Harbour og hörmunguna sem þar á eftir komu.
Sumarið 1945 hafði í för með sér stórslys fyrir Japanina: Bandaríkjamenn tóku Okinawa í blóðugri árás og í lok júlí fóru Sovíetríkin í stríð við þá og geystust yfir Mansjúríu. Síðast en ekki síst voru kjarnorkum varpað á borgirnar Hiroshima og Nagasaki, 6. og 9. ágúst nákvæmlega. Kyrrahafsstríðinu lauk 14. ágúst þegar Japanir gáfust upp og skrifuðu upp á samning í Tókýó flóa um borð í orrustuskipinu USS Missouri. En með hjálp Bandaríkjamanna, frá 1952 til 1973 þróaðist Japan efnahagslega sem félagslega og nú í dag er Japan eitt af mestu veldum jarðarinnar.