Þetta er framhald af hinum vinsælu þáttum Full Metal Panic! og fylgir bókunum frekar nákvæmlega eftir. Þættinir taka flestir sér stað í skólanum og umhverfi hans. Serían er frábrugðin fyrri seríunni, að lítið er um vélmenni og stríð, en meiri áhersla lögð á grínið. Þetta gerist stuttu eftir að fyrri serían tekur enda og er Sosuke Sagara og Chidori Kaname eru að byrja aftur í skólanum eftir sumarfríið. Sosuke er ennþá, Chidori til mikillar gremju, viðbúinn hryðjuverkaárásum hvenær sem er og...