Gordon Freeman er fæddur í Seattle, Washington. Hann sýndi mikinn áhuga og hæfni í skammtafræði á ungaaldri! Hetjur hans voru Einstein, Hawking og Feynman.

Í heimsókn sinni í Háskólanum í Innsbruck árið 1990 fylgdist Gordon með fjarflutninga tilraunum, stjórnað af eðlisfræðis tilraunarstofnun. Hann varð heltekinn af tilraunarfjarflutningum. Árið 1999 fékk hann doktorsgráðu frá M.I.T, og fyrirsögnin á lokaritgerð hans var: Observation of Einstein-Podolsky-Rosen Entanglement on Supraquantum Structures by Induction through Nonlinear Transuranic Crystal of Extremely Long Wavelength (ELW) Pulse from Mode-Locked Source Array.

Vonsvikinn á hægum breytingu og lélegum styrkjum frá Háskólanum, fór Gordon að leita að starfi í einkageiranum. Eins ótrúlega og það hljómar var Dr. Isaac Kleiner, gamli kennari hans frá M.I.T, var kominn í stjórn rannsóknarverkefnis sem fór fram í yfirgefinni eldflaugarstöð sem kallaðist Black Mesa í Nýju Mexico. Kleiner var að leita að nokkrum einstaklingum og Gordon varð fyrstur fyrir valinu. Miðað við styrkinn sem verkefnið fékk, hélt Gordon að hann ætti að fara vinna við einhverskonar vopnarannsóknir. Hann vonaði að hann myndi skara framúr vegna kunnáttu hans varðandi tölvunarfræði og stjarneðlisfræði, svo hann samþykkti boðið. Að undanskildu gas-knúnni tennis-bolta fallbyssu sem hann bjó til þegar hann var 6 ára, hefur Gordon aldrei notað neinskonar vopn fyrr en í Black Mesa slysinu.

Eftir að hafa barist í annari vídd, fór hann á loka fund með persónu sem er aðeins þekkt sem Gman (Goverment Man), ákvað Gordon að vinna fyrir hann, með von um að hjálpa mannkyninu í þróun sinni. Síðan liðu ár þangað til að fyrverandi (og þeir sem lifðu af) kollegar Gordons heyrðu frá honum, og heimurinn hefur breyst mikið síðan þá!