1990 kom plata Paul's Flowers In The Dirt og ári seinna Tripping The Live Fantastic, sem voru upptökur úr tónleikaferðalagi Paul's 1990-1991. Paul gerði síðan ekki mikið nema að produca nokkrar plötur.
Platan Workin Classical kom út stuttu seinna en hún innihélt lög eftir Paul útsett í sinfóníu stíl, þarsem sinfónía spilar öll lögin. Þessi plata var nokkurn vegin svona einsog The Family Way og Thrillingotn sem voru plötur eftir Paul. Næst kom út Liverpool Sound College sem voru margar klippur úr upptökum með Paul.

Árið 1999 dó kona Paul's, Linda úr krabbameini, þetta hafði mjög mikil áhrif á Paul. Paul sagðist aldrei ætla að gifta sig aftur. Paul hætti samt ekki í músíkini heldur samdi lag um Lindu sem endaði á plötuni Run Devil Run sem varð næsta plata Paul's og var gefin út stuttu eftir dauða Lindu. Lögin á Run Devil Run voru flest gömul rokklög frá tímabili The Qyarrymen, þrjú lög af plötuni voru eftir Paul Run Devil Run, What It Is og Try Not To Cry. Hin lögin á plötuni voru fræg lög sem Paul hafði heyrt í hamborg eða átt plötuna með síðan hann var ungur, Þettavoru gömul lög eftir t.d. Elvis Presley, Little Richard og Gene Vincent, en þessir tónlistarmenn voru í miklu uppáhaldi hjá Paul. Lagið Run Devil Run var samið eftir að Paul og sonur hans Michael gengu fram hjá apóteki í Atlanta sem hét Run Devil Run. Paul fannst Run Devil Run flott nafn á Rokklagisvo hann samdi það.

What It Is var lag um Lindu, eða frekar fyrir Lindu, hún var þegar hjá honum þegar hann samdi lagið svo hann gerði þetta fyrir hana. Seinasta lagið sem Paul samdi á Run Devil Run var Try Not To Cry, það var í sama stæl og What It Is. Lagið á plötuni She Said Yeah átti að vera tekið upp þegar Bítlarnir voru ennþá til. En að einhverjum átsæðum vildu John og George ekki spila það, svo Paul gaf það út sjálfur.

Lagið No Other Baby var lag sem Paul rifjaði alltíeinu upp, lagið var alltaf spilað af hljósmveit sem var frá Liverpool og hét The Vipers, þeir voru Skifflesveit á sama tíma og þegar John og Paul voru í The Quarrymen. Paul spilaði lagið Movie Magg fyrir vin sinn Carl Perkins, Movie Magg var lag sem Perkins samdi þegar hann var mjög ungur og bjó á sveitabæ, áður en hann var frægur.

Eftir plötuna fékk han með sér fræga tónlistarmenn einsog Ian Paice, trommara Deep Purple, David gilmour, gítarleikara Pink Floyd og Mick Green. Hann fékk þessa snillinga með sér á Cavern klúbbin og spilaði þar fyrir 300 manns. Tónleikarnir voru sýndir í beinni útsendingu á netinu og síðan gefnir útá Mynddisk.

Árið 2001 lést gítarleikarin bítlana, George Harrison 58 ára að aldri. Minningarathöfn var haldin um hann þarsem Paul, Ringo Starr og Eric Clapton voru viðstaddir. Seinna voru haldnir fyrir George tónleikar í Royal Albert Hall, þarsem Paul spilaði lögin For You Blue, All Things Must Pass, Something Og Fleiri.
Næsta plata Paul's fékk nafnið Driving Rain og kom út 2002. Stórt tónleikaferðalag fylgdi plötuni þarsem Paul söng Something lag George á hverjum tónleikum til að minnast hans.