er einhver sem getur aðstoðað mig með coda sem ég er að vinna í, hann er svona
/*lýsing fyrst, kódinn neðar
ég er að búa til forrit sem tekur inn skrá sem inniheldur 8 línur sem hver um sig er 12 stafir að lengd.

Það sem forritið á að gera er að:

1. prenta út línu sem samanstendur af þeim bókstöfum ( það er bara um að ræða A C G T ) sem eru flestir í hverjum dálki fyrir sig. T.d. í skránni sem fylgir með getum við séð dálk 3 þar sem koma fyrir bókstafirnir C T og A, þar kemur C fyrir oftast og því skrifast hann út í 3 dálk nýju línunnar. Ef ekki er skýrt hvaða bókstafur kemur fyrir oftast ( sjá fyrsta dálk, þar sem bókstafirnir C og T koma fyrir, en þeir komu fyrir jafn oft ) verður að fara í töflu sem gefin er með og þar sjáum við að í fyrsta dálk þessarar nýju línu á að koma bókstafurinn Y af því að samkvæmt töflunni er Y = C eða T.

Innlesna skráin inniheldur eftirfarandi texta

CCCATTGTTCTC
TTTCTGGTTCTC
TCAATTGTTTAG
CTCATTGTTGTC
TCCATTGTTCTC
CCTATTGTTCTC
TCCATTGTTCGT
CCAATTGTTTTG

Samkvæmt henni ætti nýja línan að líta út svona: YCCATTGTTCTC

2. prenta út línu samkvæmt eftirfarandi töflu:

W = A eða T
S = C eða G
R = A eða G
Y = C eða T
K = G eða T
M = A eða C
B = C, G, eða T (ekki A)
D = A, G, eða T (ekki C)
H = A, C, eða T (ekki G)
V = A, C, eða G (ekki T)
N = A, C, G, eða T (hvaða stafur sem er)

Línan ætti því að líta út svona: YYHYTKGTTBDB

3. búa til matrix töflu sem sýnir fjölda hvers bókstafs í hverjum dálki og liti þá svona út
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
A 0 0 2 7 0 0 0 0 0 0 1 0
C 4 6 4 1 0 0 0 0 0 5 0 5
G 0 0 0 0 0 1 8 0 0 1 1 2
T 4 2 2 0 8 7 0 8 8 2 6 1
*/

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Text;
using System.IO;

namespace tjk
{
public class assignment_1
{
char[,] sequences = new char[8,12];
int[,] matrix = new int[4, 12];
int[] freq = new int[4];
char[] lina = new char[12];
char[] chars = {'A', ‘T’, ‘G’, ‘C’};

public void Read_And_Display_File(string file)
{
StreamReader InFile = null;
string nextLine;
int i = 0;
InFile = File.OpenText(file);

Console.WriteLine(“SEQUENCES:”);
Console.WriteLine(“———-”);
while ((nextLine = InFile.ReadLine()) != null)
{
for (int j = 0; j < 12; j++)
{
sequences[i, j] = nextLine[j];
}
i++;
Console.WriteLine(nextLine);
}
Console.WriteLine();
}


public void Count_ACGT_Chars_In_Columns()
{
for (int j = 0; j < 12; j++)
{
for (int i = 0; i < 8; i++)
{
switch (sequences[i, j])
{
case ‘A’:
freq[0]++;
matrix[0, j]++;
break;
case ‘T’:
freq[1]++;
matrix[1, j]++;
break;
case ‘C’:
freq[2]++;
matrix[2, j]++;
break;
case ‘G’:
freq[3]++;
matrix[3, j]++;
break;
}
}
}
}

public void Print_Consensus_Pattern()
{
Console.WriteLine(“CONSENSUS PATTERN IN CHARACTERS:”);
Console.WriteLine(“——————”);
int count = 0;
int whichchar = 0;


for (int j = 0; j < 12; j++)
{
for (int i = 0; i < 4; i++)
{
if (matrix[i, j] > count)
{
int mostfreqchar = matrix[i, j];
whichchar = i;
}

}
Console.Write(chars[whichchar]);
}
Console.WriteLine();
}

public void Print_Consensus_Pattern_1()
{
Console.WriteLine(“CONSENSUS PATTERN IN NUMBERS:”);
Console.WriteLine(“——————”);


for (int j = 0; j < 12; j++)
{
int mfc = matrix[0, j];
if (matrix[1, j] > mfc)
mfc = matrix[1, j];
else if (matrix[2, j] > mfc)
mfc = matrix[2, j];
else if (matrix[3, j] > mfc)
mfc = matrix[3, j];

Console.Write(mfc);
}

Console.WriteLine();
}

public void Print_IUPAC_Code()
{
Console.WriteLine(“IUPAC CODE:”);
Console.WriteLine(“———–”);
Console.WriteLine();
}


public void Print_Profile_Matrix()
{
Console.WriteLine(“PROFILE MATRIX:”);
Console.WriteLine(“—————”);
Console.WriteLine(“ 1 2 3 4 5 6 7 8 9101112”);
Console.WriteLine(“__________________________”);

Console.Write(“A| ”);
for (int j = 0; j < 12; j++)
{
Console.Write(matrix[0 , j] + “ ”);
}
Console.WriteLine();
Console.Write(“T| ”);
for (int j = 0; j < 12; j++)
{
Console.Write(matrix[1, j] + “ ”);
}

Console.WriteLine();
Console.Write(“C| ”);
for (int j = 0; j < 12; j++)
{
Console.Write(matrix[2, j] + “ ”);
}

Console.WriteLine();
Console.Write(“G| ”);
for (int j = 0; j < 12; j++)
{
Console.Write(matrix[3, j] + “ ”);
}

Console.WriteLine();

}
}

class application
{
static void Main()
{
assignment_1 sequence = new assignment_1();
sequence.Read_And_Display_File(“innfile.txt”);
sequence.Count_ACGT_Chars_In_Columns();
sequence.Print_Consensus_Pattern();//prentar út stafastreng
sequence.Print_Consensus_Pattern_1();//prentar út sama stafastreng en í tölum
sequence.Print_IUPAC_Code();
sequence.Print_Profile_Matrix();

Console.WriteLine();
}
}
}

takk
þórarinn