Það eru tvær leiðir að mig minnir. Fyrri er sú sem hefur þegar komið í ljós, að setja shortcut á forritið í startup möppuna en þá er forritið ekki keyrt nema þegar vélin hefur verið ræst og userinn hefur verið loggaður inn.
Til að láta forritið starta sér (á Windows) þegar tölvan er ræst án þess að user sé loggaður inn, þ.e. forritið er farið í gang þó svo að logginn glugginn sé uppi, þá þarf forritið þitt að vera það sem kallast NT Service. Þegar forritið er tilbúið þá installaru því sem service og þá geturu séð það í listanum í Services undir control panel og administrative tools. Þar geturu valið startup type sé automatic og þá fer forritið í gang þegar vélin er ræst.
Ég hef gert það í C# og það var nú ekki mjög flókið en þú finnur efni um þetta pottþétt á google.com.